صُمم الهيكل التنظيمي لشركة سپهر بستر على أساس تقسيم واضح للمسؤوليات بين الإدارات الفنية والتنفيذية والمالية وإدارة الموارد البشرية، لضمان التنسيق بين الأقسام والاستجابة السريعة لاحتياجات المشاريع.
يحدد مجلس الإدارة والإدارة العليا السياسات العامة للشركة، بينما يتولى رؤساء الأقسام مع فرقهم المتخصصة التنفيذ اليومي للمشاريع.