ساختار سازمانی سپهر بستر بر پایهی تفکیک شفاف مسئولیتها میان واحدهای فنی، اجرایی، مالی و منابع انسانی طراحی شده تا هماهنگی میان بخشها و پاسخگویی سریع به نیازهای پروژهها تضمین شود.
هیئتمدیره و مدیریت ارشد، سیاستهای کلان شرکت را تعیین میکنند و مدیران واحدها با تیمهای تخصصی خود، اجرای روزمرهی پروژهها را بر عهده دارند.